小肠镜分经口小肠镜与经肛小肠镜，经口小肠镜准备与胃镜相似，需要禁食8小时。经肛小肠镜要做正规肠道准备，跟结肠镜检查准备相同。关于肠道准备有较多误区，很多患者认为，肠道准备要提前2-3天不能进食，这完全错误。目前指南推荐肠道准备应提前24小时进食无渣饮食，按照正常时间节点服用泻药即可。另外一定要注意，麻醉前4小时不能喝水。
小肠镜检查通常于基础筛查后进行。因为相对而言费用较高，风险比普通CT、胃镜高，所以进行小肠镜检查之前，推荐先做完胃肠镜、小肠CT或者小肠磁共振检查，对小肠病变有初步判断，再进行此项检查。