进行输尿管镜手术患者出现后遗症，即并发症或手术合并症，若患者输尿管镜手术顺利，一般不会留下后遗症。若不慎出现后遗症，则可能结局较差，如成功输尿管镜手术将结石取净后，患者出现继发性泌尿系统感染，甚至高热引起感染性休克，此类情况多为患者原来存在感染性结石或本身严重感染有关。因此，临床上需注意早期患者是否出现继发感染情况。
远期常见并发症为无输尿管狭窄，一般与输尿管镜手术无关。结石长期刺激可引起输尿管息肉或瘢痕形成，手术取出输尿管结石后结石因素去除，但输尿管本身瘢痕形成，可造成输尿管狭窄引起肾积水。因此，远期需注意有无肾积水病变。