肺大疱切除术的方式有两种，常规的开胸手术和胸腔镜手术，均需在全身麻醉下进行。因为肺大疱切除术是在一侧胸腔进行手术，所以做肺大疱切除时要进行支气管内麻醉，即插入双腔管，把患者左侧和右侧支气管分隔开。手术时让手术侧的肺停止呼吸，让肺塌陷，方便术者操作，依靠健侧肺，即另一侧肺进行单侧通气。
在手术过程中患者易出现低氧血症，这时需进行特殊处理。医疗条件允许时可采用全身麻醉加胸椎旁神经阻滞、全身麻醉加前锯肌平面阻滞或胸神经阻滞等方式，以达到减少术中全麻药物用量的目的，且这种麻醉方式下患者苏醒质量较好，并且可辅助术后镇痛 。