磁共振检查临床应用较为广泛，全身各部位都可以进行检查。检查优势在于对软组织分辨率高，无射线辐射损伤，具体检查部位取决于疾病需要，主要有以下几种：
1、怀疑脑血管病变时，可以行颅脑磁共振检查；
2、怀疑腰间盘突出，脊髓异常可以行颈、胸、腰椎磁共振检查；
3、怀疑关节异常可以行膝关节、髋关节、踝关节磁共振检查；
4、怀疑腹部实质性器官病变可以行肝、胆、胰、脾、双肾磁共振检查；
5、怀疑生殖器官病变可以行女性子宫或男性前列腺检查等。
需注意早期妊娠，特别是妊娠3个月以内的人群不提倡进行磁共振检查。病情危重 需要使用生命支持系统的患者，不可进行磁共振检查，如呼吸机、心电监护仪等仪器一般带有磁性结构，不能进入磁共振间。癫痫发作、幽闭恐惧症患者和不能配合的患者，因为烦躁或不能保持安静，不适合进行磁共振检查。