荧光原位杂交技术也叫FISH，是近几年来分子检测的一种重要的方法。原位杂交的作用机理是用荧光素标记上核酸探针，用探针检测组织切片或者细胞学涂片的靶细胞，也就是目标细胞，看如何与之结合在一起。如果能结合在一起，就形成了一种杂交体，在荧光显微镜看，就可以看到DNA染色体的数目和结构的异常，也可以看基因的扩增、融合、断裂、突变。
荧光原位杂交技术在一些实体肿瘤中用处比较大，主要是在乳腺癌、肺癌，乳腺癌常规做HER2检测。如果HER2检测有扩增，对乳腺癌的靶向治疗很有帮助，病人就可以用靶向治疗。因为有的病人三阴性乳腺癌没有HER2扩增，用药的时候可能选择的范围就比较小，预后也比较差。所以，如果在乳腺癌检测出HER2阳性的扩增，就可以用靶向药物来治疗。
此外，荧光原位杂交技术还可以做肺癌的ALK的检测，看有无基因的断裂。FISH检测现在广泛用于实体瘤的分子检测，也有一定的适应证，要根据临床情况进行FISH的检测。