克罗恩病的确诊非常复杂,需要通过临床表现、组织病理学检查、手术的病理检查以及长时间的随访等,才能得以确诊。其临床表现为腹痛、肠梗阻、腹部包块、瘘管、肛瘘、体重减轻、营养不良,以及肠外表现如皮损、关节炎等。在我国,肠结核发病率很高,和克罗恩病的临床表现、组织学表现、临床过程、手术等大体有非常相似之处,两者的鉴别诊断一直困扰着医生。
所以克罗恩病的确诊往往需要很长时间,一旦确诊,属于终身性疾病。其治疗和肠结核有相违、相对立之处,应谨慎对待,部分患者手术后数年仍无法确诊 。