肾结石3mm×3mm通常是肾微小结石，微小结石的危害主要在于出血、引发疼痛、引发感染、形成较大结石等。
1、出血：微小结石通常可以在肾脏内移动，因此在移动的过程中，可能划伤黏膜，引起尿血；
2、引发疼痛：微小结石还可以引起肾绞痛，如果结石卡在某一个小盏内，此时则可引发疼痛，甚至出现肾脏的绞榨样疼痛；
3、引发感染：结石的成因与感染及损伤有关，损伤后引发血尿，而还可造成梗阻，梗阻后会引发局部感染，感染又可形成结石，因此它们互为因果；
4、形成较大结石：微小结石长期存在于肾脏里，就会由小变大，形成大的结石，带来诸多危害。
查出肾微小结石后，需要让病人服用排石的药物，让小的结石尽快排出体外，否则结石可能持续增大，后患无穷。