肾功能不好和蛋白尿并没有因果关系，肾功能不好不一定有蛋白尿，蛋白尿升高的病人也不一定肾功能不好，但这两者存在一定关系，因为都是肾脏不好的表现。蛋白尿是因肾小球的滤过膜受到损害导致，或是肾小管的重吸收功能出现问题，如肾小管重吸收减少，这时才能在尿中检测到蛋白，随着病人肾小球或肾小管损害的加剧，病人的肾功能可能逐渐恶化，肾功能恶化后，可导致肾功能不好。
肾功能不好的病人大多数都有原发病存在，如肾炎、肾炎综合征，或是肾病综合征、继发性肾脏损害等，如肾炎综合征的病人，有蛋白尿的存在，肾病综合征的病人也有蛋白尿存在。继发肾脏损害，如狼疮性肾炎、紫癜相关性肾炎、乙肝相关性肾炎，或糖尿病肾病等，也都有蛋白尿存在。