血吸虫不能根治的主要因素，是在使用抗寄生虫药物治疗血吸虫的过程中，血吸虫卵死亡，但并不能完全碎解，死亡的血吸虫卵依然沉积在结肠或者肝脏的门静脉系统，不能被完全清除掉。即便是死亡，对于人体也是异体存在，依然会刺激周围形成肉芽肿、钙化。
所以可能会发现将来的结肠息肉里有血吸虫死卵，或者肝脏的肝硬化形成，其实是由于死卵造成的门静脉系统的损伤造成纤维化，以至于发育为肝硬化。针对血吸虫的治疗，还是在急性期进行治疗效果最好。
每年在疫区的普查、普治，要完善的配合，达到尽早的杀死血吸虫虫卵的目的，杀死之后虽然仍有沉积，但毕竟不会释放出抗原成分，不会刺激机体炎症进一步产生反应，也不会形成更多的损伤。所以血吸虫的治疗，依然是早诊断、早治疗。