肛瘘手术后复发率的高低受多种因素影响，最重要的是由肛瘘本身的病情所决定，具体情况如下：
1、复发率较低：如果是低位单纯肛瘘，术后的创面比较浅，恢复比较快，复发率比较低，一次手术能够彻底治愈；
2、复发率较高：但对于高位复杂性肛瘘，术后创面比较深，恢复起来也比较慢，同时还会出现假性愈合等多种其他意外情况，所以复发率相对较高。部分特别复杂的肛瘘，手术治愈的机会比较渺茫。
肛瘘的手术方式有多种，基本原理是沿着外口的窦道找到内口。内部开口的位置会有变化，通常位于齿状线下，有时肛瘘处于急性期，内口不容易发现， 手术后可能会复发。
如果通过外口或内口，成功找到肛窦内口，外口的窦道组织能够被完全切除，肛瘘手术的复发率相对比较低。所以术前最好进行肛周的磁共振成像检查，确定窦道方向，做到窦道的彻底切除，有助于提高肛瘘治愈率，降低肛瘘的复发率。