大部分甲状腺疾病患者可选择内科、外科、核医学科就诊，核医学科属于现如今的新科室，可利用射线诊断和治疗甲状腺疾病。根据甲状腺疾病不同，可选择以下科室：
1、内科科室：以内科治疗为主的甲状腺疾病，如甲亢、甲减，建议选择内科科室，包括内分泌科、普通内科；
2、外科科室：甲状腺结节或肿瘤患者可考虑到以外科为主的甲状腺专科、头颈外科就诊，在肿瘤医院比较多见。部分医院设有专门的甲状腺疾病诊治中心，综合处理甲状腺疾病的能力更强；
3、核医学科：建议难治的甲状腺疾病患者，尤其复杂甲亢，或甲状腺癌患者需要碘-131治疗时，或术后可以选择就诊于核医学科进行诊断、治疗、随访。
所以，建议根据甲状腺疾病种类不同，分别选择内科如内分泌科，或者甲状腺外科、普通外科、头颈外科进行手术治疗，需要进一步诊断和治疗者则可选择核就诊于医学科。