口腔扁平苔藓的病因比较复杂，是由多种因素所共同引起。口腔扁平苔藓是一种常见的口腔黏膜慢性炎性疾病，患病率为0.1%-4%，是口腔黏膜病中仅次于复发性口腔溃疡的常见疾病。
口腔扁平苔藓的病因和发病机制目前尚不明确，研究结果显示可能是与多种致病因素有关系，如免疫因素，主要是细胞介导的局部免疫应答紊乱。有研究显示，有50%左右的口腔扁平苔藓患者有精神创伤史，或因为生活、工作压力过大所导致的心情不畅、情绪焦虑等。流行病学调查发现，中年女性口腔扁平苔藓的发病率比较高。女性口腔扁平苔 藓的患者，在月经期以及在绝经期血浆中的雌二醇以及睾酮的含量都比较低。
除了上述这些因素，还可以有感染因素，如幽门螺杆菌感染，还有微循环障碍、遗传因素、某些全身系统性疾病，以及口腔局部刺激因素等，都可以引起口腔扁平苔藓。还有学者报道，如锌、碘、镁等微量元素异常，也可能与扁平苔藓有关。