发烧后头疼的原因如下：
1、大部分患者可能是感冒发烧，由病毒感染引起，虽为呼吸道感染但可出现全身反应，只要有发烧，就会有头部疼痛。体温每升高1℃-2℃，都会有全身不适，发烧后头疼伴全身不适，这是最常见的，通过抗病毒治疗很快能改善；
2、另外一部分患者，如果发烧以后剧烈头疼很严重，持续3-4天，或者已经出现剧烈头痛无法忍受，影响睡眠、吃饭、影响情绪，要尽早到神经科就诊，可能是病毒或者细菌，甚至结核引起颅内感染，有可能是脑炎或者脑膜炎。
所以发烧后头疼，疼痛不是很剧烈的患者可以先观察，疼痛剧烈一定要尽早到神经科就诊。