新生儿鹅口疮相对来说处理比较简单，容易马上缓解，如使用苏打水，也就是碳酸氢钠液，对新生儿的鹅口疮有缓解作用。再适当使用制霉菌素涂抹局部，也可以缓解新生儿的鹅口疮，一般用药之后1-2天症状就会缓解。
引发鹅口疮的原因最关键的是白色念珠菌，白色念珠菌除在口腔存在，在其他的部位也会存在。像奶瓶、乳头都可能存在白色念珠菌，如果不能进行良好的清洁和消毒，还会有新的白色念珠菌侵入新生儿的口腔黏膜，造成鹅口疮的反复。
治疗除了用药以外，最重要的是要进行消毒隔离，一定要对奶瓶、奶嘴、擦嘴毛巾进行消毒，煮沸消毒之后有灭菌的作用。还有就是新生儿的玩具也一定要注意消毒，玩具如果入口，都有可能带有菌类的存在，有可能造成新生儿继续出现鹅口疮，消毒对于避免新生儿产生鹅口疮非常重要。
有些新生儿身体抵抗力下降或者长时间使用抗生素，也容易出现鹅口疮，要对原发疾病进行适当地治疗，调节新生儿的自身免疫状态，避免经常发作鹅口疮。