鼻窦黏膜囊肿部分需要手术治疗，另外部分无需手术治疗，观察即可。鼻窦黏膜囊肿是鼻窦黏膜最常见病变，鼻窦囊肿具有一定大小，由一层上皮组织所包裹的透明或浑浊液体。一般较小黏膜囊肿可以不予治疗，但较大囊肿会出现压迫眼眶甚至视神经情况，此时需要手术治疗。部分囊肿位于颅底会对颅底造成挤压甚至抬升，出现颅内并发症，此时需要手术治疗。鼻窦囊肿引起鼻塞、头痛需要进行鼻内镜手术治疗，手术中打开鼻窦，切除鼻窦囊肿或对鼻窦囊肿进行大部分切除，形成引流即可。
不需要手术的鼻窦囊肿需要针对病因进行治疗，如过敏性鼻炎造成鼻窦囊肿，需要对过敏 性鼻炎进行药物治疗或手术治疗。还可以应用鼻喷药、鼻喷激素、中成药等改善鼻腔和鼻窦通气和引流，可以避免囊肿长大及囊肿造成鼻窦炎的情况。