通常应该明确慢性直肠炎属于哪种类型的直肠炎，最常见的直肠炎就是溃疡性结肠炎的一种类型，还有非特异性直肠炎。根据不同类型的直肠炎采用不同的治疗方法，通常做结肠镜的检查，以确定直肠炎的类型，再进行治疗。
如果是溃疡性直肠炎，最常用的药物是美沙拉嗪，有口服剂型、栓剂、灌肠液，需要坚持、规律用药。 如果是其他的炎症，可以通过其他的药物治疗。而具体类型需要根据病理类型，以及常见检查结果进行判断。如果是溃疡性结肠炎，必须长期治疗。
总体来讲，慢性直肠炎的治疗方法以内科的药物治疗为主。而具体药物需要消化内科医生和 结直肠医生通过检查，在明确诊断以后，再给予详细的治疗方案。