免疫组化结果的判定对病理诊断有重要参考价值，也影响着临床的治疗策略，所以免疫组化的判定标准较重要。免疫组化的判定标准如下：
1、做免疫组化之前会设定一个阳性对照，比如ER、PR、HER-2，如果阳性对照阳性、肿瘤阴性，表明肿瘤是真阴性；如果阳性对照阴性，表明检测操作方法可能有误，需要重新检测；
2、抗原表达必须在特定部位，有些免疫组化的定位在细胞膜，有些在细胞质，有些在细胞核，所以在特定部位阳性表明是真正阳性；如果在非特定部位阳性，或者整个切片阴性，都会判定免疫组化是阴性，或者是假阳性；
3、分析其表达强度，临床 通常会用1+、2+、3+等来表达阳性强度。阴性表示没有抗原，细胞里没有这种抗原。1+、2+、3+分别代表细胞里抗原表达的强弱；
4、免疫组化判定的意义也不能绝对化，要参考实验室条件、每个人的操作方法、标本的前期处理。免疫组化阴性也不要完全判定其是阴性，要结合其形态学改变，综合判断才能判定免疫组化操作的正确性。