超声内镜检查比普通胃镜检查辛苦很多，是否需要麻醉还是需要患者自己决定。另外还要看医院麻醉师的储备量是否足够。因为部分医院的麻醉师非常紧缺，不能派出足够的麻醉师来满足临床每个患者的麻醉安排。如果顺利，超声胃镜的检查5分钟、10分钟就可以完成。虽然比普通胃镜辛苦，但是大多数的病人都可以忍受。做超声胃镜之前，其实还是需要特殊的准备。患者决定做超声胃镜之前一定要先做普通胃镜检查、经腹B超检查、CT检查，一定要有这三种检查的结果。因为超声胃镜检查的主要适应症是胃肠隆起性病变。
胃壁可以分成五个层次，不同的层次有不同的疾病来源。要 分清楚胃肠隆起性病变来源的层次，对患者的诊断和治疗至关重要。超声胃镜是在胃镜的前面加了一个比较硬的超声探头，而且装了探头之后，镜子的视野就不是前视镜，往往是斜视镜或侧视镜。如果用超声胃镜来做普通胃镜的普查会有局限性，会漏掉部分病变。所以，一般的流程是先做普通胃镜发现病变，然后再申请做超声胃镜。做超声胃镜的医生要拿着普通胃镜的报告图像，做的时候单刀直入，直接到病变位置进行超声检查，这样能有效减少检查的时间及患者的痛苦。