阴茎的大小由多种因素决定。遗传因素是其中很重要的因素，不同的种族、不同的家系，阴茎的大小也不一样。
除了遗传外，阴茎的发育大小也和后天环境也有关，如营养补充、锻炼、发育状态、心情、心理等。实际上阴茎短小的患者生育的孩子不一定会阴茎短小。
但如果有阴茎短小，则应进行客观检查，来评估是否有基因突变或者遗传因素。如果有遗传因素，需进行遗传咨询，并在生育之前进行相关的评估，再决定是否需要给予一定的医学处理。
如可通过怀女孩来避免再次出现阴茎短小的尴尬。所以，阴茎短小本身并不是一种遗传 病，但是由于该器官的特异性和差异性，确实有遗传的因素在起作用。