如果吃完避孕药肚子疼，是由于避孕药含有大量激素，体内内分泌急剧变化，使内分泌激素的靶器官，即子宫，产生不规律收缩，子宫不规律收缩会产生疼痛。避孕药因为含有大量激素，可以抑制子宫内膜的蜕膜样转化，抑制受精卵着床，起到避孕作用。口服紧急避孕药后由于激素水平突然较高，可以引起撤退性非月经出血，产生子宫收缩，产生肚子疼。
避孕药存在较多副作用，尤其是紧急避孕药，可以使内分泌改变，造成月经不调，甚至不孕不育，造成异常子宫出血、盆腔炎症，患者出现恶心、呕吐、头晕等早孕反应。患者服用避孕药后应注意自己的情况，不到万不得已尽量少服用紧急避孕药。