子宫内膜长在宫腔内，但异位生长在不该长的地方，如卵巢表面、盆腹腔、直肠、膀胱、直肠阴道隔等处，而流窜到其它部位的内膜组织也会与正常呆到宫腔内的内膜组织一样，回应激素所发出的信号，像月经那样周期性剥脱出血。但这些血液不能像宫内的经血一样顺着宫颈排出，而是被关在体内，不断的累积形成病灶，从而产生了以下临床症状：
1、出现痛经：子宫内膜异位症引起的痛经常会表现为进行性加重，疼痛多位于下腹部和腰骶部，有时可以放射到会阴、肛门及大腿部位，同时可伴有月经量增多，经期延长或月经淋漓不尽；
2、性交痛：性交痛多见于病灶累及阴道直肠隔或者是病变导致子宫后倾固定者，一般表现为深部性交痛，月经来潮前性交痛更加明显；
3、大便痛：如病灶累及到肠管，导致肠管的狭窄，可引起经前期及经期的便秘，排便困难，排便痛及里急后重感，而经期过后症状有所缓解，甚至部分患者可出现腹泻的症状，比如病灶侵及肠管部位黏膜层可以引起周期性的血便；
4、周期性的尿频、尿痛及血尿：如病灶累及到膀胱或输尿管，可出现泌尿系相关症状，如尿频、尿痛、周期性血尿、腰酸等症状，压迫输尿管可以引起肾盂积水，进而影响肾脏功能，甚至造成肾衰竭；
5、腹壁剖宫产切口及会阴切口周围周期性局部增大的包块及疼痛：手术时将有活性的子宫内膜组织带至切口而造成的医源性的种植。该类患者在接受剖宫产手术或阴道分娩侧切手术时，子宫内膜组织顺着羊水种植到了手术的区域。在雌激素的作用下，在子宫内膜切口部位生长，于经期出现疼痛，并伴随着每次月经来潮时逐渐增大，但极少会发生恶变；
6、盆腔包块：若子宫内膜异位到卵巢可以形成卵巢子宫内膜异位囊肿。单纯内膜样囊肿无明显的特异性的临床表现，很难自行发现，往往是在合并月经异常，痛经，不孕，到医院做检查或体检时才发现；
7、急腹痛：月经期卵巢的内膜样囊肿可因为出血，压力增加而反复多出现小的破裂，破裂后立即与周围的组织发生包裹，会造成一过性的下腹部及盆腔深部的疼痛。如果比较大的卵巢子宫内膜异位囊肿出现比较大的破裂时，囊内液体会流入盆腹腔，引起突发性剧烈的腹痛，常伴有恶心、呕吐和肛门坠胀感；
8、不孕：子宫内膜异位症引起不孕的原因是多环节的。