萎缩性胃炎的危害主要是癌变、贫血、胃溃疡以及胃出血。但是并非所有的患者都可以出现癌变，要根据患者的病情进行判断。轻中度萎缩性胃炎癌变的几率比较小，但是重度萎缩性胃炎癌变几率则比较高。另外还要结合患者是否有幽门螺杆菌感染，是否有胃癌的家族史等情况都要考虑。对于可以出现贫血的萎缩性胃炎患者大部分都会食欲不振、不想进食，因为营养物质吸收比较少，所以可以引起贫血。对于胃溃疡，因为萎缩性胃炎的患者胃黏膜比较薄，如果食用粗糙、辛辣刺激的食物，则可以损伤胃黏膜而出现胃溃疡。
对于出现胃出血即消化道出血患者，既可以出现黑便，也可以出现吐血。如果萎缩性胃炎胃黏 膜比较薄、长期口服，部分患者有糖尿病，经常食粗粮，或者是粗糙、坚硬的食物，可以损伤胃黏膜，导致胃黏膜的糜烂出血，此种情况需要区别对待。但是并非所有的萎缩性胃炎都可以出现胃癌，所以患者亦不必恐慌。如果怀疑患有萎缩性胃炎，或者是进行性消瘦、食欲不振，需要进一步通过胃镜检查，以明确诊断、对症治疗。