阴茎是男性外生殖器，因此小儿阴茎短小去医院后应该挂泌尿外科、男科或者小儿外科。大部分医院里一般会有泌尿外科、小儿外科，不一定有男科，但外生殖器疾病还是要进入上述两个业科室进行专评估、判断，对儿童情况的确认会更有帮助。
一般在大型专科儿童医院里会有小儿泌尿外科，这些小孩去小儿泌尿外科可能会更加对症。小儿泌尿外科的医生关注的主要是小儿泌尿生殖系统，如果出现阴茎短小，到此科室就诊比较合适。部分儿童医院里也会有发育相关的性腺功能低下等科室，出现这些情况也可以去找医生判断。但如果涉及到手术、外科问题，还是应该进入泌尿外科或者有手术能力的男科进行诊断和治疗。