肠套叠可能复发。在初次治疗完毕后，一般采用保守治疗，包括空气灌肠、水灌肠，如B超监视下水灌肠，可将套入结肠的小肠复位。在肠道复位后，可能后期病情缓解，如果孩子还经常有反复便秘，或者反复腹泻，包括梅克尔憩室没有发现、慢性阑尾炎没有发现等各种诱因，可能造成孩子肠道功能紊乱、蠕动不协调，都可引起肠套叠的复发。
复发的肠套叠要更为重视，可以做B超、CT检查，甚至腹腔镜探查，明确有无慢性阑尾炎、梅克尔憩室等的诱因，而造成的肠套叠复发。在肠套叠复发以后，孩子仍然可能表现为腹痛、哭闹，在右下腹可以摸到腊肠样肿块，同时看有便血、肠梗阻表现，可有发热、恶心、呕吐等症状。在经历初次的肠套叠后，很多家长会有经验，一旦出现腹痛，要及时就诊，并不是肠套叠发作过不会再复发。如果反复复发，有必要做腹腔镜的探查，明确孩子肠套叠复发的诱因。一般临床中，常见原因包括梅克尔憩室、慢性阑尾炎等，只有去除病因，术后复发的几率才会降低或者消失。