扁桃体化脓首选的消炎药是青霉素类的药物比如阿莫西林口服，注意疗程要足够才能达到有效治愈，并达到有效预防复发的目的，疗程不够有可能会使其容易出现复发。
1、急性化脓性扁桃体炎：虽然首选的药物是阿莫西林，但是如果治疗3天咽痛没有明显缓解，发烧也没有明显缓解，这个情况要考虑药物疗效不好，必要时要更换更高级别的抗生素，以尽快取得更好效果使症状缓解。必要时可以考虑取扁桃体脓液做细菌培养以及药物敏感试验，根据药物敏感实验的结果，选择更有针对性的抗生素进行治疗；
2、扁桃体周围脓肿：另外一侧扁桃体疼痛持续 不缓解甚至持续加重，要考虑继发细菌感染导致的扁桃体周围脓肿，必要时要考虑多脓肿的切开引流将其内的脓液排出，然后再继续使用抗生素治疗才会取得好的疗效。