亚急性甲状腺炎是因为病毒引起，具有自限性，不进行特殊处理也可以自愈。但在疾病过程中，病人有时很痛苦，比如会出现病毒感染的发烧、全身肌肉酸痛、食欲不好，疾病造成的一过性甲状腺毒症，病人会有甲亢的短期表现，比如多汗、烦躁、心动过速等症状。
对于症状轻的病人，可以用非甾体消炎药，比如布洛芬、吲哚美辛等药物改善症状，也可以减轻炎症反应。但对于症状较重的病人，应用非甾体消炎药，仍然疼痛、体温增高，效果不好，也可以用糖皮质激素，比如泼尼松，一般7-8天症状明显改善以后，可快速减量。
对于在亚急性甲状腺炎期间出现的一过性甲亢，可能需要对症处理，比如用β受体阻滞剂，心得安或者倍他乐克改善症状。但是特别要注意，患者最好不要用抗甲状腺激素的药物。