肛瘘手术的住院时间可长可短，一般在手术以后的2-3天可以出院，但伤口的完整愈合一般需要10-14天，门诊换药或住院换药均可以。肛瘘是非常常见的肛周感染性疾病，如果肛周出现反复发作、经久不愈的溃疡，考虑是否为肛瘘引起。因为肛瘘除在肛门口有一个或多个感染性创口之外，在直肠内也会有一个内口，甚至是多个内口，会有些弯曲、反折的窦道相连。
当出现肛瘘时，只有进行瘘管的完整切开，将瘘管内的坏死组织用刮匙刮除，使新生的肉芽组织由内向外生成，才能使伤口彻底愈合。在进行肛瘘手术时，会采用挂线疗法，去除时间 大约是7天。因此做肛瘘手术后住院时间需要根据手术具体操作方法决定。