激光去除扁平疣的效果较好，在临床上主要用的是二氧化碳激光，在操作时比较表浅，且治疗效果几乎和液氮冷冻的治疗一样。当扁平疣的病毒感染组织以后，会形成增殖性的疣体，当激光打到疣体后，首先会被破坏掉组织，继而会结痂，而一般经过七天以后痂会脱落，之后再长出新的皮肤组织，此时相当于将扁平疣去掉了，所以激光的效果较好，且因为治疗比较表浅，一般不容易落下瘢痕。
但是因此会留下色沉斑或者色素减退斑，尤其是面部的扁平疣，在用激光治疗以后，为了防止落下瘢痕，或者色素沉着斑、色素减退斑等问题，激光治疗以后要尽量避免日光照射，外出时要戴上口罩进 行防护。