肝内胆管结石手术随着现在科学发展，如果在左右肝管的结石，可以考虑在内镜下做ERCP取石，如果效果不佳时需要手术治疗。肝内胆管结石的手术多是还是传统手术，还有一些特殊部位也可以采用微创手术。
肝内胆管结石的鉴别主要是靠影像鉴别、彩超检查、CT、磁共振等。肝内胆管结石如果是没有症状，又未合并肝外胆系结石的患者，一般不需要处理；如果肝内胆管结石有明显症状，又出现反复感染症状，可以采取手术治疗。多数情况下，单纯肝内胆管结石不需要特殊处理。
肝内胆管分左右肝内胆管。肝内胆管分为Ⅰ级肝内胆管、Ⅱ级肝内胆管、Ⅲ级肝内胆管，如果是结石在Ⅱ级以上的肝内 胆管，又没有明显的症状，不需要处理；如果是在Ⅰ级或者Ⅱ级肝内胆管，但是也有明显症状的，需要手术处理。