自发性食管破裂与胃肠疾病类似，最常混淆的是消化性溃疡穿孔和心肌梗死，发生可疑病例应该注意与以下一些疾病鉴别：
1、溃疡性穿孔，患者常既往有溃疡病史，发病比较突然，以剧烈上腹部疼痛为主要表现。腹部检查可以看到腹肌紧张、压痛、反跳痛比较明显，腹部X线检查可以见到膈下游离气体；
2、自发性气胸，患者常有慢性阻塞性肺疾病病史，病人表现为突发剧烈胸痛和呼吸困难，典型X表现可以看到肺门部压缩，气体常聚集于胸腔外侧或者肺尖，局部透亮度增加，肺纹理消失；
3、心绞痛，病人常既往有高血压、糖尿病病史，年纪较大，多于劳累、进食或者激动以后诱发，胸痛是典型特征，含服硝酸甘油以后可以明显缓解症状；
4、急性肺栓塞，主要表现是呼吸困难、胸痛、呕血三联征，通过肺动脉CTA可以看到肺血管病变，可以明确鉴别。