晚期胃肠道间质瘤通常根据具体情况选择合适的靶向药物，如一线、二线、三线、四线都有一定的标准，低危、中危和高危是根据术后的危险度分级来决定辅助治疗。一旦复发转移，通常属于晚期的间质瘤治疗，应按照一线、二线、三线、四线的推荐来选择靶向药物。
根据美国NCCN和中国CSCO指南(中国临床肿瘤学会)的推荐，瑞派替尼是晚期胃肠道间质瘤四线治疗的标准，也是目前国内唯一获批用于胃肠道间质瘤四线治疗的药物，能够延长伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼耐药以后患者的生存期，改善患者的生活质量。根据2022年最新版《CSCO胃肠道间质瘤诊疗指南》，对于伊马 替尼一线治疗失败的晚期胃肠道间质瘤，在二线也可以考虑使用瑞派替尼，这是新的选择推荐级别。
研究显示，对于既往接受过伊马替尼治疗的晚期胃肠道间质瘤患者，瑞派替尼在二线使用时，无进展生存期与舒尼替尼相当，但是有更高的客观缓解率，尤其是对外显子11突变患者有良好的安全性和耐受性，具体使用的药物应结合临床，由医生面诊指导为准。