两性畸形术前先需进行性别分配，根据两性畸形的综合评估得到最终结果，将患儿分配为男孩子或女孩子。性别分配宜早不宜迟，越早越好，只要检查结果进行完善，在有条件进行性别分配时，因尽早进行分配，然后做相应男性化手术或是女性化手术。
通常患儿出生后6个月就可以逐渐开始进行两性畸形手术，6-18个月属于较合理的手术时间，最迟不要超过上幼儿园。在入幼儿园前就要把性别分配完毕，并且进行两性畸形的手术。当然若患儿存在男性化手术条件，也存在女性化手术条件，且无明显性心理倾向时，患儿难以进行性别分 配，可以等待至青春期前再最终进行性别分配。然后按照性别分配做相应手术，选择男性化手术或者女性化手术。