颅脑CT检查主要查脑内的疾病，如果合并鼻窦炎症、鼻窦囊肿等疾病，也可以通过颅脑CT进行检查。当患者突发疾病，怀疑是脑血管病时，急诊头颅CT非常重要，可以排除是否有脑出血。无论脑实质出血还是蛛网膜下腔出血，都可以通过颅脑CT来明确。排除脑出血后可以按照脑梗死进行紧急溶栓，或按脑梗死、脑血管病进行抗栓治疗等。
头痛、头晕患者，也会做颅脑CT排除颅内疾病，如颅内肿瘤、脑出血、脑梗死、寄生虫病等，都可以通过颅脑CT检查。颅脑CT对于部分疾病，脑干部位的病变是盲区，有时需要进一步检查头颅核磁共振，明确脑干部位是否有病变。 同时对于病变性质的定性很难判断，常需要检查头颅核磁共振，甚至核磁共振增强进行明确。