甲状舌骨囊肿是先天性颈部构造畸形。手术是常规普外科头颈部手术，对于手术造作熟练的医生，手术风险并不大。如果手术做得比较少时，需要注意肿物处于颌下颈部，因神经血管比较丰富，手术时要避免比较大的神经血管损伤。可减少术后疼痛、出血等并发症的产生。目前手术的凝血设备或者手术器械比较完善，手术后无需配备特别的器械。
早年或者条件稍差的医疗单位，常规颈部手术术后需要备特殊器械。由于颈部手术皮肤缝合后，如果皮下有出血、血肿无法从皮肤上流出。此时特别是婴幼儿气管比较软，会压迫气管 ，引起窒息为手术后最大的风险，但发生率较低。因此需常规准备应用器械，且手术除切除囊肿外，同时需切除舌骨中段，否则复发率较高。