脑损伤的后遗症恢复较差，后遗症通常指疾病稳定后残留的症状，常发生在脑损伤6个月后，比如车祸伤急性期的治疗较为关键。如果效果不好，后期会遗留偏瘫或癫痫发作，偏瘫和癫痫发作治疗较困难，癫痫可以通过药物进行控制，比如服用抗癫痫药物，控制发作，不能治愈。
对于脑损伤的疾病，应特别注意急性期的治疗。急性损伤期存在可以修复、没有死亡的脑细胞，这些细胞可以被拯救。急性期脑部的内环境紊乱，可能有炎症或者其他因子，调控时可能会减少损害性因子，增加保护性因子，从而给脑部较多机会进行 修复和代偿。急性期修复和代偿可以起到治疗作用，如果形成后遗症，想恢复比较困难。