肛瘘手术要想根治肛瘘，最关键的就是要把肛瘘里面的慢性炎性肉芽组织完全清除干净，把原发灶的内口要完全清除处理好，才有可能根治。因为肛瘘创伤一般比较大，所以医生们逐年开展微创手术，包括瘘管里面填塞生物材料，然后打生物胶。还有LIFT手术、肛瘘镜手术。
这些微创手术的好处就是创伤小，但是复发率比传统手术还要高，因为不能把瘘管完全切开，所以有时候就避免不了坏死组织的残留，有坏死组织残留就容易复发。因此这些微创手术更适合瘘管比较直，比较单纯，有把握能完全不在直视的情况下清除干净的肛瘘手术。但是微创手术可以结合传统手术应用，也可以减少部分创伤，又达到根治的目的。主要应根据瘘管走形，根据经济承担能力选择。