艾司奥美拉唑镁肠溶片，可以用于萎缩性胃炎的治疗，但是本身对于胃黏膜的萎缩，并没有治疗作用。针对慢性萎缩性胃炎的治疗，除了针对萎缩的治疗以外，包括针对相关症状的治疗，比如合并空腹时明显的上腹不适症状或反酸烧心、胃食管反流相关症状，考虑与胃酸相关，可以用艾司奥美拉唑进行治疗。
考虑合并有幽门螺杆菌的感染，需要根除幽门螺杆菌，可以用到四联疗法，也会用到艾司奥美拉唑进行治疗，可以起到起到抑制胃酸的作用。但是针对慢性萎缩性胃炎，即胃黏膜的萎缩，如果强调需要逆转胃黏膜的萎缩，不需要用艾司奥美拉唑进行治疗，因为没有明确的治疗效果。
在治疗慢性萎缩性胃炎时，不仅治疗萎缩，还要治疗相关的症状，还有幽门螺杆菌感染，需要用到艾司奥美拉唑。如果专门针对萎缩来讲，艾司奥美拉唑没有逆转萎缩的作用，胃复春、摩罗丹等药物也没有能够抑制萎缩进展的作用。