磁共振判断部分肿瘤，如海绵状血管瘤、错构瘤、子宫肌瘤，准确率可达100%。但部分肿瘤表现可能不典型或检查方法错误，则磁共振的准确性会受到影响。如医生仅看到胃壁增厚，但胃壁增厚有很多原因，如炎症、肿瘤，食管静脉曲张等。
但如果患者做增强，尤其是做磁共振T2加权像和弥散加权像，则可看到肿瘤胃壁增厚的弥散受限，即皮革胃。此时较易做出胃癌或胃淋巴瘤的诊断。如果患者没有进行增强检查，单纯看见增厚，则无法做出准确诊断。而肺磨玻璃结节可能为浸润性肺癌，若为浸润性肺癌进行CT检查可清楚诊断，但磁共振却无法诊断。