一旦确诊肺栓塞要立即进行治疗，而根据病情严重程度不同，采取的方法也不同，如下所示：
1、如果合并严重的低血压休克，需立即给予溶栓，这对于抢救患者生命非常重要；
2、如果病程较长不适合溶栓，需给予抗凝治疗。且抗凝治疗选择较多，可用低分子肝素，也有新型的抗凝口服药物，疗程应根据患者基础病变而定；
3、诊断肺栓塞后，需查清栓子来源，常进行下肢静脉超声检查，看有无静脉栓子；还需寻找引起栓子的病因，找到病因后，需针对病因进行治疗。如合并肿瘤导致的血液高凝，病因治疗后抗凝治疗才能停止。所以，病因治疗会影响患者抗凝治疗的疗程 。
肺栓塞是因栓子在肺循环内堵塞产生的一系列症状、体征和病情变化。栓子最常见的是血栓，也可有空气栓塞、脂肪栓塞、羊水栓塞，因血栓栓塞最常见，故肺栓塞常指肺血栓栓塞。