骨髓移植配型对血型没有要求，主要是对白细胞中HLA的配型有要求，最好相合度能达到全相合。但随着国内独生子女政策，全相合的机会很少，需要在无关供者的骨髓库找全相合。如果是亲属间，通常可以选择半相合移植。半相合移植通常要查5个位点，10个等位基因，要求半相合达到5/10以上相合度，则可以考虑做一级造血干细胞移植。
血型不相同也可以做移植，但在血型不同的情况下，给病人输供者的骨髓尤其是骨髓液时，通常会做去红细胞处理，来减少输注后的溶血反应。而对于外周血造血干细胞采集的造血干细胞，通常直接输注。但移植以后，血型有个转换过程，可能出现贫血、红系造血不良等情况，但最终都会转成供者的血型。