重度甲沟炎治疗比较困难，如果治疗炎症可以选择拔甲，尤其合并灰指甲真菌感染，拔甲后可以使用药物治疗，但是拔甲并不能够彻底预防甲沟炎复发，因此对于重度甲沟炎一般需要进行手术矫正，即甲沟成形术。甲沟成形术目的是将甲沟炎症以及炎症下残留的甲根、甲床组织彻底去除，并且重塑甲沟，避免术后复发。
甲沟成形术主要治疗方法是在手术麻醉后，将重度甲沟炎增生肉芽和肉芽下甲床，以及甲根彻底切除，将炎症组织和炎症增生的甲床组织彻底切除，可以避免复发，并且将甲沟重新缝合，重建外翻甲沟，为术后预防复发打 下良好基础。对于部分重度甲沟炎双侧都有炎症，可以进行指甲两侧的甲沟成形术，可以有效缓解症状，避免术后复发，是治疗重度甲沟炎的首选方案。
重度甲沟炎是治疗的难点，容易复发，长期存在容易影响正常工作、生活和体育锻炼，对于重度甲沟炎的治疗方法比较多，但疗效欠佳，主要针对甲沟炎病因和严重程度进行治疗。拔甲术确实在炎症发作急性期具有较好的引流作用，同时部分有灰指甲患者，可以在拔掉后的甲床上涂抹抗真菌药物，起到治疗作用，但拔甲术对于重度甲沟炎，通常随着指甲重新生长而复发。