一般情况下，多数肝癌患者可因无法接受外科手术，导致总体的5年生存率只有10%-15%，所以预后较差。但进行原发性肝细胞癌手术后，其远期的生存可以得到明显改善。我国大部分患者手术后，可达到10-20年，甚至更长的生存期限。但患者的预后主要取决于肝癌的临床分期，以及后续治疗是否能够降低和推迟癌症的复发，还有复发后采取的进一步措施。
总体而言，肝癌越早发现预后越好，部分患者还可有治愈几率。通常早期或巨型肝癌可通过手术，并配合介入手术、化疗，以及靶向药物治疗等方式，获得长期的生存期限。此外，若肝癌复发， 还是可以采取再次手术，如消融手术、介入手术、肝脏移植，以及靶向和免疫治疗等，以延长患者的生存时间。