卵巢囊肿本身可以是良性，也可以是恶性。对于肿瘤标志物是抽取血液，查血液中的特殊成分。常见的卵巢肿瘤标志物有以下几种：
1、CA12-5：在卵巢肿瘤中，上皮类卵巢肿瘤时CA12-5会增高；
2、AFP：又称甲胎蛋白，在肝癌时升高比较明显。但是如果是卵巢肿瘤甲胎蛋白(AFP)高，证明卵巢肿瘤中有甲胎蛋白的成分出现，即有胚胎成分出现，所以产生AFP；
3、HCG：即人绒毛膜促性腺激素，也是早孕期所查的指标。有个别卵巢肿瘤中有滋养细胞的成分，可以产生HCG增高；
4、雌激素：功能性卵巢肿瘤，比如颗粒细胞瘤、泡沫细胞瘤时雌激素水平可以增高。
因此对于卵巢的肿瘤标志物是多方面，任何一个肿瘤标志物的增高，再加上卵巢肿物的出现，均需要认真判定其性质。