会厌软骨的作用主要是在吞咽食物时能够盖住喉入口，使食物或水不至于进入气管，导致呛咳或者吸入，甚至导致气管异物。使吞咽的食物和水能够沿着会厌两侧滑入到两侧的梨状窝，然后进入食管入口，再顺利吞咽到胃内。
因为会厌软骨正好位于喉入口处，所以其在吞咽时就可以将喉入口盖住，从而避免食物误吸、误呛到气管内，导致气管异物、误吸、憋气等，这个功能对于孩子也很重要。因为孩子的咳嗽力量弱，有时会有异物吸入到气管内，但其咳嗽力量还不足以将吸入到血管内的异物咳出，从而形成上述情况。
作为成人一般出现上述情况的可能性相对较小，因为成人咳嗽力量大，异物进入不到气管内。另外，会厌软骨包括黏膜发生肿胀时，可以导致急性会厌炎，有时会盖住喉入口而导致明显的憋气表现。