肩胛骨两侧疼痛，原因很多，包括简单的长期工作，保持固定姿势造成劳损形成的肌肉酸痛，筋膜炎症，都可以导致肩胛骨两侧疼痛。在运动或过度劳动过程中造成的肌肉拉伤，也可以导致肩胛骨两侧疼痛。肩胛骨骨折脱位、脊柱骨折脱位，也是常见的原因。
脊柱发生侧弯畸形，使两侧受力不均衡，可以引起肩胛骨两侧疼痛。脊柱肿瘤、脊柱结核破坏骨质结构，可以引起肩胛骨两侧的疼痛症状。
患者发生颈椎病压迫了神经，使双侧的肩胛骨神经支配区出现放射性疼痛，同时会伴有颈椎的活动受限，也是常见的原因。此外，肩关节的疾病，肩周炎、肩峰下撞击综合征、肩袖损伤或肩部骨折脱位，也可以造成以上临床症状。