阴茎溃疡的药物治疗，需要根据病因决定，具体如下：
1、包皮龟头炎：是较为多见的情况，通常由于阴茎皮肤溃烂，形成浅表性的溃疡。可以应用局部的抗菌治疗的药物，包括高锰酸钾、硼酸粉或者其他外用的药膏；
2、梅毒：是较为常见严重疾病，属于性传播疾病。可能出现硬下疳，这种溃疡较深，类似火山口，周围较硬，可能在腹部有淋巴结肿大，尤其存在不洁的性交史，这种情况需要进行鉴别诊断，梅毒的治疗与一般的溃疡治疗不同；
3、阴茎癌：部分包茎患者由于反复包皮感染，最后可能发生阴茎癌，也会形成顽固的溃疡，另外分泌物有恶臭，可能伴随淋巴结 转移等症状。
所以阴茎溃疡，不能简单地应用应用药物，尤其是顽固的、较深的溃疡，要警惕存在严重的疾患，需要至医院找医生就诊，寻找溃疡原因，以免贻误诊疗时机。