一般幽门螺杆菌吃药的治疗时间为10-14天，大部分在通过10-14天的规律治疗后，能够根除幽门螺杆菌。10-14天的治疗，即标准4联疗法后，不管是否治愈，均不能再继续用药，需停药满1个月后，再进行幽门螺杆菌检测，常用的是呼气试验，即碳13或者碳14的呼气试验，帮助判断幽门螺杆菌是否根除。
首次根除未治愈的患者，不建议立刻进行第二次根除治疗。因为恢复细菌对于抗生素的敏感性，需一段时间的间隔，一般建议间隔3-6个月以上的时间，再进行第二次幽门螺杆菌根除。根除幽门螺杆菌的标准治疗，即4联药物，包括质子泵抑制剂，还有两类抗生素，以及铋剂。这4类药物联合应用疗程为10-14天，服药过程中注意勿漏服。否则不容易杀死幽门螺杆菌，还可能容易诱导幽门螺杆菌耐药。