宝宝肛瘘自愈后通常不会复发，即通常不会残留瘘管。宝宝的肛瘘早期，可能是肛周脓肿的表现，即肛门周围存在脓包，此时处于急性期，医生可能会进行切开引流的手术，或待其自愈。度过急性期后会形成肛瘘，此时称为亚急性期或慢性期，会形成肛周的窦道或瘘管样结构，逐渐会有分泌物或脓性液体排出。
但宝宝的肛瘘与成人肛瘘不同，后者多需要通过根治性手术才能治愈，而宝宝的肛瘘多数预后较好，因为其瘘管比较单纯、走行较单一、位置也较表浅，且宝宝的自愈能力较强，因此较少会遗留后遗症，即较少有残留瘘管的情况。此外，也与本身的因素多为功能性疾病有关，包括便秘，或排便时肛管、直肠压力增高等，因此自愈后，通常没有残留的瘘管等情况。