鹅口疮清洁口腔的溶液通常是制霉菌素，因为鹅口疮是口腔的真菌感染，所以要给予治疗真菌的药物涂口腔，最常用的药物就是制霉菌素。
制霉菌素溶液的配制，就是将制霉菌素片溶于温开水中。在喂奶后，涂在孩子的口腔内，一般效果较明显。如果有的孩子的鹅口疮比较顽固，时间较长，反复发作，还可以用另外一种涂口腔的溶液，比如用碳酸氢钠和制霉菌素溶液交替使用。
用碳酸氢钠是因为导致鹅口疮的念珠菌在碱性环境下不容易生长，所以用碳氢钠调节口腔内酸碱度即pH值。使口腔呈碱性环境，导致念珠菌不容易生长，以达到治疗的目的。
更严重的鹅口疮使用上述方法仍然不能去除，可能要全身用药，口服抗真菌的药，比如大扶康(氟康唑)等，这是比较顽固的婴儿鹅口疮的治疗。