垂体功能低下首先需看引起原因，常见原因肿瘤、放射、感染等，需对因治疗。单纯肿瘤压迫引起，通过手术即可恢复。其它原因如外伤及放射，均不能治愈，仅能用替代治疗。替代治疗需看病人，是哪激素少。是甲状腺激素、性腺激素、肾上腺激素还是生长激素，必须查清楚。
治疗原则是少什么则补什么，少多少则补多少，直到激素补到正常中线值为理想。如各种激素皆缺，包括性腺激素、甲状腺激素、肾上腺激素、生长激素均低需要顺序补充：先补肾上腺激素，补快达到正常或正常后，再开始补甲状腺激素；补完后再补生长激素或性腺激素，因生长激素和性腺激素要求不急迫。